东西方竞争仍然在继续，大西洋联盟的情报部门发现，处于某种原因，沃尔格维安共和国在土卫5卫星上建立了一个秘密基地。而负责这个秘密基地安保工作的，正是联盟派去共和国的间谍，尼古拉。通过尼古拉发送回来的情报显示，这个基地正在开发超级尖端科学技术～量子传送。而土卫五上可能有某种未知物质能促使这项技术开发成功。一旦如此，共和国将形成巨大的军事优势，逆转东西方力量差距。
联盟指示尼古拉不惜一切代价破坏这项研究，并马上发射了飞船奔向土卫五。然而，当飞船到达土卫五时，基地已经被某种红色物质彻底吞噬，一切秘密都已埋葬。唯一的发现是，在基地外几公里的宇宙天线附近，发现了昏迷状态的量子工程师萨沙。
萨沙被带回了大西洋联盟，由负责人体实验的博士启动了大脑控制实验，希望从萨沙脑中还原事件经过以及取得量子传送实验资料。
萨沙被消除了自我记忆，在脑控制装置上成为了联盟特工5号，意识重回基地开始了新的探索。
基地主要研究对象是红色物质，这种物质在土卫五永久冻土层中被发现，研究显示这种物质具有量子化物质并且保存意识状态的能力。但是，这种物质自我繁殖能力很强，如果管理不当造成泄露，将会造成毁灭性灾难。
尼古拉得到联盟的破坏指令后，暗中偷出了一部分红色物质，并从生活区开始扩散。
基地成员伊琳娜发现了红色物质扩散，告诉了她对象斯塔斯，并且马上让尼古拉汇报给上级。然而尼古拉作为叛徒和间谍当然拒绝汇报，于是伊琳娜潜入通信室，试图越过尼古拉自行向上级汇报，被通信室管理员奥尔加发现。
奥尔加是尼古拉的情妇，但是她并不知道尼古拉的间谍身份。奥尔加把这件事告诉了尼古拉，于是尼古拉用装有红色物质的针管暗杀了伊琳娜，后续又枪杀了斯塔斯，并带着奥尔加坐上唯一的逃生飞船逃跑了，但是他不知道这时候其实萨沙的量子传送技术已经开发成功，通过激光以特定角度多重轰击红色物质，不但可以实现物质量子传送，还能实现意识保留。
萨沙化身的特工5号在重回基地探索过程中，遇到了量子传送实验保留下来的对革命极端忠诚的自我记忆～赤色国王。在赤色国王的引导下，萨沙成功找回了自己的意识，恢复了共和国同志的身份，并且阻止了量子传送机密的泄露。
此时，博士的助手开始行动。她其实是某东方大国打入联盟内部的同志。助手破坏了博士对于萨沙脑部的控制，博士不明所以走了个昏招，决定把自己的大脑也接入脑控制装置直接控制萨沙，然而却被萨沙的意识使用了东方的神秘力量反过来夺舍成功，占据了博士的躯体。
最后，萨沙变成了博士，和助手一起打入敌人内部。从此革命力量势不可挡，彻底干翻了邪恶的大西洋联盟，把红色的旗帜插遍了全世界。
